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实践中存在这种情况，实践的操作一般是，案子在检察院手里时，依照最高检的，在法院时，依照最高法的（也就说，最高检和最高法的司法解释原则上只对他们内部有效）。解决这个问题一般有两种方式：1，由全国人大常委会作出立法解释，统一有冲突的问题。2，由当事机关坐下来谈，最后达成统一的司法解释。其中最著名的一次是在新刑诉法修改以后，最高检和最高法都作了司法解释，但是有的内容是相互冲突的，以致在实践中双方相互指责，无法统一意见。后来全国人大常委会法制工作委员会牵头，联系刑诉法涉及到的6个当事机关，众机关经过相互协商，于在1998年1月19日发布了刑诉法领域尽人皆知的《六机关规定》，全称是《最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部、全国人大常委会法制工作委员会关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》。

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到哪个机关就听哪个的。

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答：此时应由全国人民代表大会常务委员会作出立法解释来解决这一问题，立法解释的效力高于司法解释．

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在适用法律时吗?当然按高法.不过最是提出给你的上级组织,逐级到人大常委会解决

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高检无权作司法解释吧。