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据卫生部门介绍，新鲜黄花菜含有毒化学成分秋水仙碱，食用前必须经过处理，用凉水浸泡或开水煮烫后，彻底炒煮加热方可食用。如果烹调方法不当，食用者会出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻、头疼、头昏、口渴、喉干等中毒症状，腹泻剧烈者可能导致死亡。西安市卫生监督所提醒市民，最好食用黄花菜干制品，因为其在生产过程中已经消除了有毒成分。
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鲜黄花菜含有秋水仙碱毒素。秋水仙碱本身是无毒的，但进入人体后被氧化成氧化秋水仙碱，则含有剧毒，会对肠胃及呼吸系统产生强烈的刺激，表现为嗓子发干、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、胃有烧灼感，严重的可产生血便、血尿或尿闭等症状。泡制出来的黄花菜含焦亚硫酸钠量超标，对人的身体是有害的。 每次不宜多吃黄花菜，最好不超过一两，因每二两鲜黄花菜约含0.1毫克的秋水仙碱，人吃的秋水仙碱不超过0.1毫克时不会中毒。