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科学事业不可能一步到位，航天飞行也没有绝对的十全十美。首位飞天英雄杨利伟出舱后良好的状态，表明了“神五”飞行相当成功。但是，杨利伟也带给火箭专家们一个重要信息：火箭在上升阶段中，出现了比预想严重的箭体振动。持续的振动曾一度让杨利伟感到难以承受。虽然杨利伟克服了身体不适，顺利度过了振动阶段，但他认为，振动的强度应该超出了预计范围。 技术人员经过分析，认为问题出在火箭核心部分——动力系统上。它的振动频率与火箭结构振动频率在飞行的某一时刻重合产生了共振。而这种振动频率的根源是动力系统中的一种液体，液体的振动频率影响了发动机，造成发动机推力振动，从而进一步影响了火箭。后来，专家们对与液体有关的蓄压器能量进行调整，改变了管路中液体的频率，使之与火箭结构振动频率错开，最终避免了箭体结构的剧烈谐振。